巧克力囊肿的临床诊断主要靠病史、症状和体征。常见的检查有：妇检、超声诊断、MRI、CT、腹腔镜及实验室检查。

卵巢巧克力囊肿的诊断主要依靠临床医生对这类新型急腹症的认识。如患者有痛经或明确的子宫内膜 异位症之历史，则更应严重考虑本病的诊断。盆检不满意时，通过B超声检查可对探出宫旁肿块。

阴道后穹窿或腹腔穿刺对诊断帮助很大。从巧克力囊肿的破口中流 出的陈旧性经血，经腹腔液稀释，成为一种稀薄褐色的液体。如穿刺时获得这种液体，则诊断即可明确了。